Les eaux de suintement ont l'avantage d'être filtrées par le système karstique, de se refroidir, et d'arriver directement (contrairement à la neige) au fond de la glacière. Bien que leurs températures soit supérieures à zéro, elles prennent le soin de ne pas avoir un débit trop important, afin de laisser le temps à la glacière de les congeler. Les eaux de pluie qui s'engouffrent directement dans la cavité font fondre le névé et répartissent leur récolte vers le fond de la glacière. Si elles contribuent en général à faire augmenter le niveau de glace, elles ont le désavantage d'arriver directement dans la cavité sans avoir été refroidies au préalable. Les orages d'été apportent des calories dont la glacière se passerait bien. En effet, suite à de violents orages, la glacière de Chaux les Passavant, a été complètement inondée à deux reprises en 1910 et 1956. La hauteur d'eau avait alors atteint 12 m, provoquant des dégâts considérables. Nous pouvons noter alors qu'un bon réseau d'évacuation des eaux est recommandé à toute glacière voulant s'installer dans la région.

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